南京处理违章扣分的方式有以下几种：
您可以前往车辆所在地的交警队或者车管所窗口进行处理，也可以选择去违章发生地的交警队处理。
如果您的驾驶证和车辆已经进行了绑定，您可以通过手机使用交管部门推出的“交管12123 APP”自助处理违章。
许多自助处理机也可以自助处理违章，非常方便，但请注意，您需要有一定的分数才能使用这些机器。
车主还可以通过“交通安全综合服务管理平台”处理违章。
如果是异地违章，建议去违章地区的交警队接受处理，以防止在驾照本地处理了而异地违章记录无法消除的现象。
建议
提前规划：提前了解并选择合适的处理方式，避免排队等待。
准备好材料：处理违章时，请准备好身份证、驾驶证和车辆行驶证等相关材料。
确认信息：在处理违章前，确认违章记录无误，避免重复处理或错误处理。