小作坊的纳税方式如下：
小作坊一般按销售收入的3%交纳小规模增值税。
增值税的征收方式有两种：查账征收和核定征收。查账征收是根据实际营业收入交5%的营业税（营业税已退出历史，不再征收），附加税费包括城建税、教育费附加和地方教育费附加，以及按个体工商户经营所得缴纳个人所得税，实行5%-35%的超额累进税率。核定征收是税务部门对个体工商户实行定期定额办法，即按区域、地段、面积、设备等核定一个月应缴纳税款的额度，开具发票金额小于定额的，按定额缴纳税收，超过部分按规定补缴税款。
按交增值税税额的7%交城市建设维护税。
按交增值税税额的3%交教育费附加。
根据地方政策可能还有地方教育费附加。
个体工商户需要缴纳个人所得税，一般按照经营所得缴纳，实行5%-35%的超额累进税率。
根据具体经营行业，可能还需要缴纳其他税费，如印花税、个人所得税等。
月收入在5000元以下的小作坊可以免征增值税或营业税，城建税、教育费附加也免征。
残疾人员个人为社会提供的劳务，经批准可免征营业税。
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