想要作废已经签订的补偿协议，可以采取以下几种方法：
如果双方都同意作废原协议，可以签订一份解除协议来终止原补偿协议。
如果一方不同意作废协议，另一方可以向法院提起诉讼，请求法院判决解除原房屋拆迁协议。这需要提供证据证明拆迁补偿协议应当被解除，例如存在重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等情形。
具体操作步骤：
双方当事人进行协商，达成一致意见后，签订一份书面解除协议，明确双方的权利和义务，以及作废后的相关事宜。
如果选择通过法院起诉的方式作废协议，需要收集相关证据，包括但不限于：
证明存在欺诈、胁迫行为的证据。
证明协议内容存在重大误解的证据。
证明协议显失公平的证据。
其他相关证据，如协议签订过程中的书面材料、证人证言等。
向有管辖权的法院（通常是房屋所在地的基层人民法院）提起诉讼，以拆迁补偿协议纠纷为案由，请求法院判决撤销协议。
在诉讼过程中，需要按照法院的要求提交相关证据，并承担相应的举证责任。
根据相关法律规定，撤销权的行使有一定的期限限制，通常为知道或应当知道撤销事由之日起一年内行使。如果超过这个时间期限，撤销权可能消灭。
建议：
在采取任何行动之前，建议咨询专业律师，获取详细的法律意见和指导，以确保自己的权益得到充分保障。