涉案公司的处理方式取决于案件的具体情况、公司的责任大小以及对公司经营的影响等因素。以下是一些可能的处理方式：
公司可能会被处以罚款、吊销营业执照、责令停业整顿等行政处罚。
对于涉嫌犯罪的员工，公司应配合司法机关进行调查，对涉案员工进行处理，可能涉及刑事责任。
公司需要完善内部管理制度，避免类似事件再次发生。
若公司无法清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力，可以申请破产清算。
根据员工行为与工作的关联程度，公司可以选择解除劳动合同、留用察看或开除等处理方式。
公司可以通过法定程序向涉案嫌疑人追讨因职务侵占造成的经济损失。
对于轻罪案件，检察机关可以对涉案企业与责任人员同时作出不起诉的决定，或者对企业和责任人员采取“分案处理”的管辖原则。
建议
积极配合调查：公司应全力配合司法机关的调查，提供必要的信息和协助。
依法处理：严格按照法律规定处理涉案员工，确保处理过程合法合规。
内部反思与改进：在案件处理后，公司应对内部管理制度进行全面审视与完善，防止类似事件再次发生。
法律咨询：在处理涉案公司时，建议咨询专业律师，以确保公司权益得到最大程度的保护。