夫妻分居可以通过以下两种主要方式办理：
双方自愿离婚，并签订书面离婚协议。
双方携带身份证、户口本、结婚证、离婚协议到婚姻登记机关申请离婚登记。
经过30天的冷静期后，双方再次前往婚姻登记机关领取离婚证。
一方不同意离婚或双方对财产分割、子女抚养等问题无法达成一致，可向法院提起离婚诉讼。
法院审理离婚案件，首先进行调解。如果感情确已破裂，调解无效，则准予离婚。
分居满两年是准予离婚的情形之一，需提供分居证据，如分居协议、租赁合同、证人证言等。
建议
协议离婚：双方达成一致，流程简单快捷，但需要双方配合办理手续。
诉讼离婚：适用于双方无法达成一致或一方不同意离婚的情况，流程较为复杂，需要时间和精力，且可能涉及更多法律问题。
无论选择哪种方式，建议咨询专业律师，确保分居和离婚过程合法合规，保障自身权益。