别墅房产税的缴纳方式如下：
依据房产原值一次减除10%至30%后的余值计算缴纳。具体扣除比例由省、自治区、直辖市人民政府规定，范围在10%至30%之间。
依据年租金收入计算缴纳，税率为12%。
注意事项：
别墅的房产税计算方法和普通商品房类似，但若面积超过140平方米，可能会被认定为高档商品房，从而需要额外缴纳一定比例的税款。
房产税的具体税率和计税依据可能会因地区和房产类型（如存量房、增量房、独栋别墅、高档公寓等）的不同而有所差异。例如，上海对房价达到当地均价2倍至3倍的房产，按房产价值的0.5%征税；房价达到3倍至4倍的，按1%征税；4倍以上的，按1.2%征税。
房产税的纳税期限和地点也有明确规定，通常按年计算、分期缴纳，具体纳税期限由地方政府确定，纳税地点为房产所在地。
建议在具体操作前，咨询当地税务机关或专业税务顾问，以获取最准确和最新的税率及计税依据信息。